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时间:2010-11-10 11:10 作者:佚名

浪潮天梭TS10000高性能计算系统北京生命科学研究所成功案例

    [导读]为了满足生命研究所对高性能计算系统应用的需求,浪潮集团有限公司(以下简称浪潮)与英特尔紧密合作,为其提供解决方案天梭TS10000。

    标签:浪潮计算系统生命科学研究所

    在北京生命科学研究所(以下简称生命研究所)的黄牛实验室里,峰值运算速度为6.5万亿次每秒的浪潮天梭TS10000超级计算系统正在运转。该系统是目前中国在生命科学研究领域浮点能力的最高峰,这组浪潮天梭TS10000高性能系统是英特尔45纳米技术在中国的第一次大规模应用,堪称“中国45纳米四核第一单”。

    根据2007年国内高性能计算TOP100排名,这套浪潮天梭TS10000若放在该榜中,峰值能力完全可以排在前30名。例如,第23位的中国石油公司的超级计算机,投建于2007年,计算能力约为6.664万亿次/每秒,这套系统与之相比,差别无几。

    面临挑战

    生命研究所作为中国政府在发展生命科学技术领域的重要战略布局,成立以来在《cell》、《Nature》等国际核心学术杂志上发表的论文一直居各科研院所之首。黄牛博士介绍说,基于高性能计算机对生物大分子进行深入,并在此基础上进行药物设计,是近年来国际生物医药研究的前沿领域,这也是以其本人名字命名的黄牛实验室主要研究方向。大分子是目前自然界物质结构最复杂的分子,一个生物大分子及其环境组成的系统往往包括几万至几十万个原子,由于这类研究需要有大量的数据处理和模型模拟,对高性能计算系统的性能提出更高要求。

    为了满足生命研究所对高性能计算系统应用的需求,浪潮集团有限公司(以下简称浪潮)与英特尔紧密合作,为其提供解决方案。

    黄牛博士介绍,在研究过程中,要有效地利用所获得的生物学信息,来针对疾病靶标设计治疗性药物,就需要从原子水平上来掌握生物大分子的三维结构和生物功能之间的关系,而生物大分子及其环境组成的系统往往包括几万至几十万个原子,因此在这么大的数据库里面要实现“一把钥匙配一把锁”,是一项十分复杂和困难的工作,这样的研究没有高性能计算机根本不可能进行。

    从天到小时 科研效率大提速

    利用计算机进行药物筛选是针对治疗疾病的靶标——生物大分子(酶、蛋白质、受体或核酸)来筛选化学小分子库。如同是从一堆钥匙中选出匹配的钥匙来打开特定的锁一样。生物大分子好比是钥匙,药物小分子好比是锁,要选择合适的生物大分子来打开药物小分子这把锁。这就是药物研究中的锁和钥匙原理。

    黄牛博士在谈到这套浪潮天梭时高兴地讲到,这套系统可提高筛选效率几十甚至上百倍。例如过去利用单个CPU的工作站对一个生物大分子进行20万个小分子库的筛选需要10多天,如今采用浪潮天梭超级计算机仅仅只要半个小时,大大提高了工作效率。

    浪潮为生命研究所提供的“中国45纳米四核第一单”的高性能集群定制化方案,实现了计算密度和功耗节能的完美结合,其计算峰值也成就了中国生命科研领域计算最高峰,不仅显露出浪潮在高性能计算领域雄厚的技术研发实力,也进一步巩固了浪潮在中国生命科学研究领域的优势地位。

    解决方案:浪潮天梭TS10000高性能计算系统

     

     

    【责任编辑:汇心 TEL:(010)68476606】


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